Η Σπιναλόγκα, το πιο διάσημο νησάκι της Κρήτης, βρίσκεται στη βόρειο-δυτική είσοδο του Κόλπου της Ελούντα. Πάνω σε αυτό χτίστηκε τη Βενετική περίοδο (1579) ένα από τα πιο ισχυρά φρούρια της Κρήτης. Ήταν τμήμα της αμυντικής στρατηγικής των Βενετών στην προσπάθειά τους να θωρακίσουν το νησί έναντι στους Οθωμανούς και τους πειρατές. Αποδείχτηκε απόρθητο: το φρούριο παραδόθηκε στους Οθωμανούς μόνο με συνθήκη το 1715, πενήντα χρόνια αργότερα από την κατάληψη της υπόλοιπης Κρήτης.
Κατά τη διάρκεια της Οθωμανικής κυριαρχίας στην Κρήτη, παρέμεινε ισχυρό φρούριο, ενώ κατά τα τελευταία χρόνια του 19ου αιώνα, κατοικείτο αποκλειστικά από Τούρκικες οικογένειες. Μετά από την απελευθέρωση και την ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα, η ελληνική κυβέρνηση αποφάσισε να μετατρέπει το νησάκι σε τόπος απομόνωσης των λεπρών της Ελλάδας. Όσους πρόσβαλλε η ασθένεια υποχρεώνονταν να περάσουν την υπόλοιπη τους ζωή σε αυτό το ερημικό νησί, κάτω από δύσκολες συνθήκες ουσιαστικά σαν φυλακισμένοι. Η λειτουργία του νησιού ως λεπροκομείο τερματίστηκε το 1957, οπότε και το νησί εγκαταλείφθηκε, ερημώθηκε και τα περισσότερα από τα κτίριά του κατέπεσαν. Σήμερα, μετά από τις σημαντικές προσπάθειες αναστύλωσης, η Σπιναλόγκα είναι επισκέψιμη και αποτελεί πόλο έλξης χιλιάδων επισκεπτών ετησίως. Δρομολόγια γίνονται καθημερινά με καΐκια από τον Άγιο Νικόλαο, την Ελούντα και την Πλάκα.
Το αρχαιολογικό μουσείο του Αγίου Νικολάου, παρά το σχετικά μικρό μέγεθός του, έχει στις προθήκες του εξαιρετικά πλούσια ευρήματα από αρχαίες θέσεις της ανατολικής Κρήτης και της Μινωικής πόλης των Μαλίων. Τα εκθέματα αντιπροσωπεύουν όλες τις εποχές από την Νεολιθική περίοδο έως και την Ρωμαϊκή.
Αυτό το εξαιρετικό μουσείο βρίσκεται στον ψηλότερο λόφο της πόλης, κοντά στο νοσοκομείο. Στην αυλή του έχει νεραντζιές που δίνουν ένα μεθυστικό όμορφο άρωμα. Το αρχαιολογικό μουσείο του Αγίου Νικολάου είναι εύκολο να το περιηγηθείτε. Τα εκθέματά του είναι εξαιρετικά πλούσια από ολόκληρη την ανατολική Κρήτη και τα Μάλια. Ξεκινώντας από την Νεολιθική περίοδο σε περνάει από όλες τις περιόδους της προϊοστορικής και ιστορικής εποχής μέχρι και την Ρωμαϊκή περίοδο.
Δώστε ιδιαίτερη σημασία στο «Κρανίο του Αθλητή», το οποίο βρέθηκε σε ένα Ρωμαϊκό τάφο του πρώτου αιώνα μ.Χ. στον Ποταμό του Αγίου Νικολάου, είναι στεφανωμένο με ένα στεφάνι από χρυσά φύλλα ελιάς, καθώς και στη Θεά της Μύρτου, ένα καταπληκτικό κομμάτι τέχνης που χρονολογείται στην πρώτη Μινωική περίοδο 2.500 π.Χ.
Λίμνη μέχρι πριν λίγες δεκαετίες και τώρα συνδεμένη με τη θάλασσα είναι το σημείο αναφοράς της πόλης και το κέντρο της, καθώς ακτινωτά γύρω από αυτήν έχει αναπτυχτεί πολεοδομικά. Υπάρχουν πολλοί θρύλοι και ιστορίες γι’ αυτήν, κυρίως για το αν είναι άπατη ή όχι. Ακόμα και ο Ζακ Κουστώ καταδύθηκε, ψάχνοντας για τη λύση αυτού του μυστηρίου.
